環境DNA に基づく網羅的解析は，魚類調査の低労力化・低コスト化が期待される．しかし，沿岸域における環境DNA の空間分布は複雑で，かつ，分析を阻害する要因も存在することから，実用化までには課題がある．本研究では，網羅的解析の要素技術のうち，フィルターと網羅的解析の分析に着目し，これらの違いが網羅的解析の結果に与える影響について，主要な魚種を取りこぼすことなく検出できるか，確かな種数の検出ができるか，特定の魚種の検出に差はないか，の３つの視点で検証した．この結果，以下の結論を得た．1) 主要な種の検出においては，本研究で比較したフィルターの間では差はなく，分析者が違っても差はない．2) 検出される種数は，孔径が小さなフィルターほど多い．一方，分析者が違えば，検出される種数に影響する可能性はあるものの，重大な差を引き起すかどうかわからない．3) 環境DNA の起源が多様な沿岸域では，フィルターの孔径の違いで，捕捉する種を生活様式別に選別できる可能性がある．これらの結論は，網羅的解析を使う目的に応じて，フィルターを正しく選択する必要があることを示しているが，これらの結論から，分析者を指定する明確な根拠は得られなかった．
キーワード： 環境DNA， MiFish プライマー， 推定精度， 種の豊富さ， 種組成