沿革
| 昭和21年 | 1946年 | 運輸省鉄道技術研究所として発足 |
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| 昭和24年 | 1949年 | 現地(横須賀市長瀬)に移転 |
| 昭和25年 | 1950年 | 運輸省運輸技術研究所発足による組織替え |
| 昭和37年 | 1962年 | 運輸省港湾技術研究所設立(管理、水工、構造、機材の4部で発足) |
| 昭和38年 | 1963年 | 設計基準部を設置(5部体制) |
| 昭和41年 | 1966年 | 土質部を設置(6部体制) |
| 昭和47年 | 1972年 | 海洋水理部を設置(7部体制) |
| 昭和48年 | 1973年 | 企画室を設置(1室7部体制) |
| 昭和55年 | 1980年 | 計算センターを設置(1室7部センター体制) |
| 昭和63年 | 1988年 | 機構改革で組織名称変更(企画室、管理部、水工部、海洋水理部、土質部、構造部、計画設計基準部、機械技術部、情報センターの1室7部1センター体制) |
| 平成元年 | 1989年 | 研修センターを設置 |
| 平成3年 | 1991年 | 企画部に組織改正(8部1センター体制) |
| 平成7年 | 1995年 | 海洋水理部を海洋環境部に組織改正 |
| 平成13年 | 2001年 |
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| 平成15年 | 2003年 | 客員フェロー制度を創設 |
| 平成16年 | 2004年 | 津波防災研究センターを設置(4部2センター体制) |
| 平成17年 | 2005年 |
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| 平成20年 | 2008年 |
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| 平成21年 | 2009年 | 海象情報研究領域を海洋情報研究領域に組織改正 |
| 平成22年 | 2010年 | 津波防災研究センターをアジア・太平洋沿岸防災研究センターに組織改正 |
| 平成23年 | 2011年 | 研究部制から研究領域制に移行 |
| 平成25年 | 2013年 | LCM研究センターをライフサイクルマネジメント支援センターに組織改正 |
| 平成26年 | 2014年 |
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| 平成27年 | 2015年 | 国立研究開発法人に位置付け |
| 平成28年 | 2016年 |
海上技術安全研究所、電子航法研究所と統合し、海上・港湾・航空技術研究所となる |
| 平成29年 | 2017年 |
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